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孟德尔立时化R包TwoSampleMR装置教程并诞生token
全球好，我是邓飞，今天先容一下TwoSampleMR包若何诞生token，从而不错使用数据库的数据进行孟德尔立时化的分析。
迷水商城1，装置TwoSampleMR包这个包在github上头，之前流行用devtools包装置github上的R包，然则devtools自己就终点难装置，好在目下有了 remotes包，这个包比拟好装置，进而github上头的包也比拟好装置了。
# install.packages("remotes")library(remotes)install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")将上头的代码贴到Rstudio中履行，就不错了。要是闪现莫得 remote包，就把精明去掉，再运转就行了。
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2， 运转MR示例数据library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP， outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Perform MR然后发现报错了：
> library(TwoSampleMR)TwoSampleMR version 0.6.8 载入程辑包：'TwoSampleMR’The following object is masked from 'package:remotes’: add_metadata> # List available GWASs> ao <- available_outcomes()Error in `dplyr::bind_rows()`:! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.
报错的信息是：Error in dplyr::bind_rows():! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.
看起来是dplyr的错，其实不是，赓续运转望望能弗成读取ieu的数据：
迷水商城> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')
目下的报错信息是：> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零
忧伤，要是你觉得我方是R言语大神，思从R言语包装置的角度，包贬抑的角度去解决问题，终末很大可能是 砸电脑！！！
正确的解决秩序，是稽查官网，要是你把报错信息贴到网上头，能够率亦然找不到谜底，因为之前TwoSampleMR还莫得这个问题，网上的东西是相互抄，春药网垃圾信息满天飞，第一手尊府历久是官网。
https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html
内部有一句话：
迷水商城From 1st May 2024， most queries to the OpenGWAS API will require user authentication. For more information on why this is necessary， see this [blog post](https://blog.opengwas.io/posts/user-auth-spring-2024/).
从2024年5月1号，TwoSampleMR包需要诞生token之后，才不错造访数据库，是以，底下即是若何诞生token的问题了。
迷水商城3，TwoSampleMR诞生token官方保举决策：
迷水商城A：更新你的R包
Please update your TwoSampleMR and ieugwasr packages - you can use the following command to do this.
install.packages("TwoSampleMR"， repos = c("https://mrcieu.r-universe.dev"， "https://cran.r-project.org"))B：诞生token
Then you need to obtain an OPENGWAS_JWT token - see the ieugwasr documentation https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html - and store it in your .Renviron file - then restart R.
Login to https://api.opengwas.io/profile/
Generate a new token
Add OPENGWAS_JWT=<token> to your .Renviron file. This file could be either in your home directory or in the working directory of your R session. You can check the location of your .Renviron file by running Sys.getenv("R_ENVIRON_USER") in R.
Restart your R session
To check that your token is being recognised， run [ieugwasr::get_opengwas_jwt()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/get_opengwas_jwt.html). If it returns a long random string then you are authenticated.
迷水商城迷水商城To check that your token is working， run [user()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/user.html). It will make a request to the API for your user information using your token. It should return a list with your user information. If it returns an error， then your token is not working.
底下，我将上头的要领，经营我我方的告捷操作历程，先容一下，随着我的要领，你也细目能处理啦！
3.1 登录opengwas，注册一下登录注册，用github账号，https://api.opengwas.io/profile/
3.2 创建token按照底下的截图就能处理。
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把token复制一下。
迷水商城3.3 在R言语中检测是否有token要是之前莫得诞生过，细目是莫得的。
迷水商城 Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")我的复返成果：
迷水商城> Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")[1] ""不错看到，莫得诞生。
那就需要在文档文献夹中，新建一个.Renviron文献
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迷水商城3.4 把token放到新建的.Renviron文献中3.5 重启R言语（必须）OPENGWAS_JWT="这里粘贴你的token"图片
迷水商城
重启R言语，然后键入底下代码，测试token是否诞生告捷：
## 测试token是否灵验library(ieugwasr)user()
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约会迷轩药商城迷水商城不错看到个东谈主的信息，就诞生告捷了。
4. 测试MR示例数据library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP， outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Perform MRres <- mr(dat)运转成果：
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作图成果：
迷水商城图片
这就处理了。
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